Το Κουφονήσι βρίσκεται στα νοτιοανατολικά του Ξερόκαμπου και ζωγραφίζει με το σχήμα του το φόντο της θάλασσας. Εδώ η αρχαιολογική σκαπάνη έφερε στο φως ερείπια από εγκαταστάσεις μινωικής αλλά και ρωμαϊκής εποχής. Φαίνεται ότι ο νησί πυκνοκατοικήθηκε από τα παλαιότατα χρόνια μέχρι και τα ύστερα ρωμαϊκά. Αυτό αποδεικνύεται από το μεγάλο ελληνορωμαϊκό θέατρο των 1000 θέσεων που ανασκάφτηκε. Σύμφωνα με τα ευρήματα το νησί ήταν κέντρο συλλογής και επεξεργασίας του θαλάσσιου όστρακου πορφύρα που ζει στις θάλασσες της περιοχής.